Após obter o mapa em formato digital, e antes de poder utilizá-lo, torna-se necessário calibrá-lo, ou seja fazer corresponder a pontos específicos do mapa as suas efectivas coordenadas geográficas, criando desta forma um ficheiro de extensão map que ficará associado ao ficheiro gráfico do mapa. Tal pode ser feito utilizando coordenadas constantes no mapa, colocando o cursor sobre elas e escolhendo este ponto como um dos pontos de calibragem.
Para um mapa estar calibrado, devem-se assinalar pelo menos quatro destes pontos, a partir dos quais o software extrapolará os restantes bem como o datum segundo o qual foi criado e eventuais ajustes, tais como declinações magnéticas.
Os passos necessários para calibrar um mapa são, pois, os seguintes :
Escolher a opção File e seguidamente Load and Calibrate Map Image, podendo agora selecionar um ficheiro de imagem do tipo BMP, TIF, GIF, JPG, PNG, KAP,EZW e OZF, sendo este último um formato específico do OziExplorer que pode ser obtido através do utilitário IMG2OZF que converte outros formatos neste, que por ter sido concebido especificamente para uso deste programa, apresenta uma maior rapidez.
Tal como anteriormente, aconselha-se a converter outros formatos em JPG ou GIF, que ocupam muito menos espaço em disco e evitar formatos como os BMP, conhecidos pela sua fraca compressão. A ligeira perda de promenores, verificada durante a conversão, é amplamente compensada pela redução do espaço em disco para menos de 10% e pela maior rapidez de carregamento, facto essencial para a operação, sobretudo quando haja necessidade de mudar rapidamente de um mapa para outro.
Chama-se a atenção para o facto de, caso se pretenda mudar o formato, tal deva ser feito antes de os calibrar, dado que o ficheiro obtido com a calibragem inclui o nome do ficheiro gráfico e a sua mudança de formato origina uma mudança de nome a nível de extensão.
Factores importantes é a introdução correcta do datum, segundo o qual o mapa foi elaborado, e a declinação magnética que deverá constar do mapa original. Os mapas realizados pelos Serviços Cartográficos Militares até Maio de 2001 usam o datum European 1950 Spain – Portugal, sendo que a partir dessa data usam o WGS 84. É necessário ter em atenção que a substituição de um mapa por uma versão mais recente pode obrigar a uma alteração no datum e na declinação magnética.
A projecção do mapa indica qual o tipo de coordenadas utilizadas, sendo habitual utilizarem Latitude e Longitude, embora seja possível que alguns utilizem coordenadas UTM.
Neste menu também é possível delimitar a área que pertence efectivamente ao mapa e as margens que resultam da digitalização. Esta função é realizada marcando os cantos do mapa através de um menu acessível clicando num icon com uma quadricula que inclui um angulo em vermelho. Tudo o que ficar fora destes limites deixará de ser considerado em termos cartográficos, mesmo que possa constar do ficheiro gráfico que lhe serviu de base, evitando assim que, por exemplo ao chegar ao limite do mapa se veja o sinal de GPS sobre uma legenda em vez de carregar automaticamente o mapa seguinte.
No exemplo escolhido, estão a ser utilizadas coordenadas UTM para marcar o primeiro ponto de calibragem. Os pontos X e Y são aqueles que estão referenciados pelo cursor sobre o ficheiro gráfico utilizado.
Este processo deve ser repetido sucessivamente após selecionar os restantes pontos de calibragem, devendo no fim salvar o novo ficheiro map, preferencialmente com o mesmo nome do mapa que lhe serviu de base. Desta forma, o mapa baseado na imagem 431.gif daria origem ao ficheiro de calibragem 431.map, correspondendo à área de Lisboa na série 888 dos Serviços Cartográficos do Exército.