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Existem diversos menus de configuração, sendo os primeiros particularmente relevantes para o desempenho do programa, enquanto os últimos estão mais directamente relacionados com a forma de apresentação dos dados em termos de forma, cor ou disposição. Relativamente aos menus de configuração mais relevantes pela sua influência no desempenho, estes vão ser apresentados individualmente os capítulos seguintes.
A configuração de sistema inclui os parâmetros a nível dos locais no disco onde o OziExplorer irá procurar os vários tipos de ficheiro, essenciais caso se use ficheiros em CD-ROM ou em áreas diferentes do disco. Também estão contempladas opções relacionadas com o início do programa, nomeadamente se desejamos ou não que o último mapa utilizado seja aberto e, nesse caso, se será carregado na mesma posição e configuração de zoom em que deixamos o trabalho.
A opção Show Map View faz aparecer automaticamente a janela no qual se vê num mapa reduzido a posição da área em que trabalhamos, enquanto a opção Show Zoom Window nos mostra de forma ampliada a zona onde se encontra o cursor.
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Igualmente importante é a selecção correcta do Data File Datum, dado que será esse o formato adoptado por defeito. No caso de utilizar primordialmente os mapas topográficos militares, deverá ser escolhida a opção correspondente de European 1950 Spain – Portugal.
As informações genéricas referentes ao tipo de unidades a utilizar, que vão desde distâncias a informações de carácter geográfico devem ser configuradas no menu de Mapas.
Deve ser dada uma especial importância a distâncias e velocidades, que devem ficar em quilómetros, a forma de apresentação da latitude e longitude a ao datum para mapas em branco, que deve coincidir com os mapas com que habitualmente se trabalha.
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